El tren a peto o también conocido como el tren del sur o linea Puuc, inició sus obras en 1878, siendo hasta el 16 de septiembre de 1900 que se inauguraría en su totalidad esta línea férrea.

Recorriendo puntos importantes como Kanasín, Acanceh, Tecoh, Ticul, Oxkutzcab y Peto entre otros, este tren sería uno de los más importantes del estado pasando a manos de ferrocarriles unidos de Yucatán FUdeY en 1909 y posteriormente de NdeM.

En 1912 se inauguraría el ramal a Sotuta desde Acanceh con el cual se completaría la conexión de las comunidades del sur.

Perteneció a la División Sur

El tren a Izamal, parte de las líneas del oriente, fue crucial para el desarrollo de la zona henequenera. La concesión para esta línea se entregó a José Rendón Peniche, e inició sus operaciones alrededor de 1890 como un ramal de la Línea de Progreso, partiendo de la estación de la mejorada hasta 1920 cuando se trasladaría a la estación central y adquiriria la clasificación de linea troncal de la división oriente.  

Recorriendo importantes centros agrícolas, la línea articulaba el transporte de carga y pasajero por lo que esta línea se consideró vital por su valor agrícola y por enlazar a la capital con una de las ciudades más antiguas y culturalmente significativas de Yucatán.

En 1909 pasó a formar parte de la compañía Ferrocarriles Unidos de Yucatán (FUdeY) y posteriormente de NdeM.

Perteneció a la División Oriente

El tren de Mérida a Progreso fue el proyecto ferroviario más crucial de Yucatán, y la primera línea en ser construida. Su objetivo principal fue conectar la capital yucateca con el recién habilitado puerto de altura de Progreso para facilitar la exportación del henequén, el "Oro Verde".

La colocación del primer riel se llevó a cabo el 1 de abril de 1875 en la Plaza de La Mejorada, en Mérida. Tras años de desafíos financieros y empresariales (inicialmente con la concesión a José Rendón Peniche, y luego bajo la dirección del Ing. Olegario Molina Solís), la vía fue finalmente inaugurada el 15 de septiembre de 1881.

Esta línea se convirtió en la arteria vital de la economía yucateca durante el auge henequenero, asegurando la llegada de la fibra al puerto para su embarque internacional y el es movimiento de pasajeros.  

En 1920 cambiaría su cede a la estación central y operaría hasta finales de los 90's hasta quedar en total abandono.

Esta línea pasó a formar parte de Ferrocarriles Unidos de Yucatán (FUdeY) en 1909 y posteriormente de NdeM.

Perteneció a la División Norte

La vía que pasaba por Calkiní se constituyó como un segmento clave del Ferrocarril Mérida-Campeche, un proyecto que buscaba unir por vía terrestre a los dos estados de la península, separados tras el movimiento de secesión de Campeche.

La construcción de este tramo comenzó en diferentes frentes durante la década de 1880 y La línea completa que conectaba formalmente Mérida con la capital campechana fue inaugurada el 28 de julio de 1898, un evento considerado trascendental que simbolizó la reunificación y modernización de la península.

Calkiní, ubicado cerca de la frontera estatal y como cabecera municipal, se convirtió en una estación de gran importancia dentro de este corredor, que recorría puntos como: Umán, Maxcanú, Halachó (en el lado de Yucatán), para luego pasar a Calkiní, Tenabo y finalmente Campeche. Esta ruta mejoró enormemente el comercio y la comunicación entre los dos centros de poder regional-

Esta línea pasó a formar parte de Ferrocarriles Unidos de Yucatán (FUdeY) en 1909 y posteriormente de NdeM.

Perteneció a la División Poniente

El tren a Valladolid, conocido como la línea del oriente, fue una de las obras ferroviarias de mayor extensión en Yucatán. La construcción oficial comenzó alrededor de 1880.

La línea completa, con sus ramales principales, fue inaugurada tardíamente hasta el 4 de mayo de 1906 bajo el gobierno porfiriano, aunque tramos importantes ya estaban en servicio.

Esta ruta tenía una importancia estratégica para conectar el centro henequenero con las comunidades del oriente, permitiendo la llegada de diversos productos a la capital.

Recorría puntos importantes como: Mérida (Estación de San Cristóbal o la Gran Estación Central de 1920), Conkal, Tixkokob, Motul, Izamal, Dzitás y finalmente Valladolid, el segundo gran centro urbano del estado. Desde Dzitás se construyó un ramal hacia Tizimín. 

Esta línea pasó a formar parte de Ferrocarriles Unidos de Yucatán (FUdeY) en 1909 y posteriormente de NdeM.

Perteneció a la División Oriente

El Ferrocarril a Tizimín fue una expansión crucial del sistema ferroviario de Yucatán, constituyéndose como el ramal más oriental de la línea principal Mérida-Valladolid.

 Su objetivo primordial fue integrar la fértil región ganadera y agrícola del noreste con el centro económico de Mérida.

La construcción de este tramo se llevó a cabo a principios del siglo XX, ya bajo la administración de Ferrocarriles Unidos de Yucatán (FUdeY), la compañía que había fusionado y consolidado todas las vías principales de la península.

Aunque se consideraba como un ramal de la via de Valladolid esta tenia un servicio constante y de alta demanda por lo que fue catalogada como una linea con derecho de vía compartido.

La línea y la estación en Tizimín fueron inauguradas formalmente el 30 de noviembre de 1913 siendo la última linea férrea en construirse por los próximos 100 años. 

Esta línea nació siendo parte de Ferrocarriles Unidos de Yucatán (FUdeY)  y posteriormente de NdeM.

Perteneció a la División Oriente